大統領の警護 (Yankee White)
- シーズン 01 エピソード 01 通算 第1話放送日 2003-09-23（US）
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- 任務でシークレットサービスのケイトリン・トッド捜査官が大統領専用機、エアーホースワンに搭乗中、乗員が突然気分を悪くして死亡。
- ギブス、トニー、ダッキーが飛行場に到着した機内で検視を進めていると、同乗してきたFBIのトバイアス・フォーネル、ケイトの所属するシークレットサービス、NCISで捜査権をめぐって対立するも、ギブスたちはこっそり遺体を運び出す。
- NCISのトム・モロー局長もメンバーをバックアップし、NCIS主導で合同捜査することに。
- ジェラルド・ジャクソンやトニーから証拠品を受け取ったアビーも加わって事件は解決。
- ケイトは事件の責任をとってシークレット・サービスを辞職。
- ギブスはケイトをNCISにスカウト。
- 事件解決後、謎の女性（ヴィヴィアン・ベリサリオ（Vivienne Bellisario））がギブスを迎えに来る。（こぼれ話）
- 自宅に戻ったギブスが地下室のテレビをつけると、FBIとシークレットサービスで大統領暗殺計画を未遂に終わらせたとトバイアス・フォーネルが記者会見している姿が映っていた。
サウンドトラック：挿入歌／アーティスト
船乗りの真実 (Seadog)
- シーズン 01 エピソード 03 通算 第3話放送日 2003-10-07（US）
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- テーマソング明けにエレベータ到着音、オフィス内の電話呼び出し音から始まるのは今回がが最初。
- ダッキーは昔、警察官を崖から突き落としたが、20メートル下に湖があったので警察官は助かった。（本人談）
- ギブスは深夜に一人で釣りに行く。（本人談）
- ケイトがアビーの所に行くと言って歩き出したのは窓側に向かって右側。（シリーズ後半では窓側とは逆の奥に進んで右）
- ダッキーの余談が多いため、ジェラルド・ジャクソンは耳栓をしている。
- ギブスとアビーが手話を使って遣り取りをする。
- アビーの親は視覚障害者らしい。（ギブス談）
- 事件絡みで入手した偽造紙幣の製造元をケイトが古巣であるシークレットサービスに内密に依頼していたが、元同僚はFBIに連絡しところ事件がテロ絡みの疑いがあるとの理由からトバイアス・フォーネルが NCISのオフィスに現れる。
- FBIとの情報共有を図るためトム・モロー局長とFBI局長が MTACを通して話し合う。
- ギブスは一分の情報のみトバイアス・フォーネルに与えて退散させる。
- ケイトが人との待ち合わせ中にギブスの似顔絵を書いている。
- 事件には NCISだけで対処し、テロを未然に防ぐことに成功する。
- 事件解決後、謎の女性がギブスを迎えに来る。
サウンドトラック：挿入歌／アーティスト
死者からの電話 (Marine Down)
- シーズン 01 エピソード 09 通算 第9話放送日 2003-12-16（US）
サウンドトラック：挿入歌／アーティスト
一発必中 (One Shot, One Kill)
- シーズン 01 エピソード 13 通算 第13話放送日 2004-02-10（US）
サウンドトラック：挿入歌／アーティスト
それぞれの悪夢 (Bête Noire)
- シーズン 01 エピソード 16 通算 第16話放送日 2004-03-02（US）
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- ダッキーと助手のジェラルド・ジャクソンは夜中に運ばれてきた死体を検視しようとと死体袋を開けると、中から拳銃を構えた男性（アリ・ハスワリ）が現れる。
- ケイトは子どもの頃から暗闇もオバケも怖くなかった。（本人談）
- トニーは天蓋（てんがい）の吸血鬼が怖かった。（本人談）
- トニーは毎晩、父親のグラスにスコッチを注ぎながら学校であったことを報告していた。（本人談）
- マクギーはギブスのことをアナログ人間と評していた。（トニー談）
- ギブスは今でも紙と鉛筆に頼っている。（ギブスのアナログ人間、デジタル音痴は本作から始まった（本人談））
- ダッキーは昨日運ばれてきた死体と所持品のすべてをよこせとを脅され、その証拠品などを持ってくるようアビーに依頼するが、彼女は1カ月前に悪夢を見てからというもの、検視室に行くことができない。
- ギブスはアビーの恐怖症のことを知っている。（ダッキー談）
- ダッキーは学生時代、陸上選手だった。（ジェラルド・ジャクソン談）
- ダッキーは若いころ足が速く、イートン校時代は運動場のヒーローだった。（本人談）
- アビーは棺（ひつぎ）で寝ている。（ジェラルド・ジャクソン談）
- アビーはゴスロリ（ゴシック・アンド・ロリータ (Gothic & Lolita)）系。（ダッキー談）
- ジェラルド・ジャクソンはダッキーの助手になって 2年。（本人談）
- 検視室に行くことができないアビーはケイトに届けてもらうことにしたが、結果、3人が人質となってしまい、犯人（アリ・ハスワリ）とケイト、ダッキーそれぞれの駆け引きが続く中、ジェラルド・ジャクソンが左肩を撃たれてしまう。
- ギブスとポーラ・キャシディがMTACで情報交換。
- 人質となった 3人を救出するため、ギブス、トニーの他、クリストファー・”クリス”・パッチ（Christopher Pacci（ティム・ケルファー（Tim Kelleher ）））などが援護に当たる。
- ケイトは一瞬でアリ・ハスワリに好意を寄せてしまったのか、チャンスにアリ・ハスワリを刺すことができなかった。
- トニーはブラマプトラ （Brahmaputra）産で深い味わいの紅茶が好み。（本人談）
- ギブスとアリ・ハスワリが撃ち合い、ギブスは左肩を負傷したが、アリ・ハスワリは防弾ベストを着用しており、救出部隊の突入に紛れて逃走。
- アビーは勇気をふり絞って検視室に行き、恐怖症を克服する。
サウンドトラック：挿入歌／アーティスト
真実はそこに (The Truth is Out There)
- シーズン 01 エピソード 17 通算 第17話放送日 2004-03-16（US）
サウンドトラック：挿入歌／アーティスト
目覚め (Reveille)
- シーズン 01 エピソード 23 通算 第23話放送日 2004-05-25（US）
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- ギブスは検視室で額を撃ち抜かれたケイトの遺体と対面している姿をテロリスト（アリ・ハスワリ）が見て笑みを浮かべているという夢から目覚める。
- ギブスがオフィスで寝ているのは5話目に続いて 2度目。
- マクギーはノーフォーク勤務。（ギブス談）
- マクギーはアビーの家に泊まり、棺桶の上とは知らずに寝た。
- ケイトがアリ・ハスワリを刺せなかったのは、アリ・ハスワリが優しい目をしていたから。
- ギブスは前回の離婚前も荒れていて近寄りがたかった。（ダッキー談）
- トニーはイタリア系なので遺伝学的に乳離れが遅く大人になれない。（ダッキー談）
- ダッキーとパーマーはべセスタ海軍病院のゴミ置き場のアルコール入りドラム缶から発見されたバラバラ死体の復元をしているが、左足の親指が多いことから2体分の死体だと判明。
- ダッキーはアリ・ハスワリには解剖学の知識があることを思い出し、医学部を卒業してるはずだとギブスに伝える。
- ジェラルド・ジャクソンはまだ入院中。（ケイト談）
- マクギーが改良を加えた顔認証にその情報を加えてデータベースで調べた結果、アリ・ハスワリに関する詳細が判明。
- アリ・ハスワリがケイトを拉致し、祖国がイスラエルでモサド局員だと告げる。
- ギブスとポーラ・キャシディがMTACで打ち合わせ。
- ダッキーはエディンバラ大学 の医学部を卒業している。（本人談）
- トバイアス・フォーネルがギブス宅に現れるのは初めて。
- ギブスの家の地下で酒を飲むシーンが映し出されるのは初めて。
- 前回、アリ・ハスワリを逃したのはCIAで、それには局長も同意済み。（トバイアス・フォーネル談）
- その件をギブスが忘れる条件としてアリ・ハスワリと2人で会うこととなり、検視室で再会。
- ギブスは前回、左肩を撃たれたが、今回はギブスがアリ・ハスワリの左肩を撃って一応の決着。
アリを殺せ（前編） (Kill Ari Part 1)
- シーズン 03 エピソード 01 通算 第47話放送日 2005-09-20（US）
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- 前エピソードからの続き
- ギブスとチーム全員がケイトの死を悲しみ、撃った犯人がアリ・ハスワリである証拠を捜す。
- ケイトを狙ったのは572メートル先、当日は無風。
- ギブスが初めてマクギーを『ティム』と呼ぶ。
- ギブスがコーヒーを買いに行く際、トニーとマクギーにも何か飲むかと尋ねるが、これが最初で最後のセリフ。
- ケイトがタトゥーをしていたのはお尻だった。（本人（アビーの妄想）談）
- 次にアリ・ハスワリは公園からアビーのいるラボを狙う。
- アリ・ハスワリの目的はギブスの大切な人を狙い、苦しめることらしい。
- ギブスは戦闘でも部下を失った。（本人談）（こぼれ話参照）
- ギブスが海兵隊のスナイパーだったことが、初めてトム・モロー局長の口から語られる。
- トム・モロー局長は国土安全保障省の副局長に就任することになり、後任の局長として赴任したのがジェニー・シェパード。
- ギブスとシェパード局長は6年前からの知り合いで、男女の関係があった。
- トニーの妄想に現れるケイトは制服姿。
（ケイトの高校時代の制服のことを聞いていたのでその影響か、昔の彼女にコスプレさせたりしているのでトニーの癖なのか） - ジヴァ・ダヴィード（モサド局員）がギブスを訪ねてNCISに。
- ギブスは6年前にも船を作っていたが、元妻（ダイアン）の名を付けていたため完成前に燃やした。（本人談）
- ケイトは南部出身。（マクギー談）
- トニーは家がお金持ち、東海岸出身、寄宿学校を卒業、中西部を経てフィラデルフィアへ。（ジヴァ談）
- ジヴァとシェパード局長は対テロ対策で一緒に働いていたことがある。（局長）
- ジヴァとアリ・ハスワリが密かに連絡を取り、任務終了後にパリで会う約束をする。
- ジヴァはアリ・ハスワリがテロリストなら管理官である自分の首が飛ぶこと、アリ・ハスワリがケイトを殺すつもりなら人質にした時に殺していたであろうと主張し、アリ・ハスワリを殺さないよう警告。
(この時点でジヴァはアリ・ハスワリの暴走を知らないものと思われる。) - 上層部はアリ・ハスワリが無実と思っており、確たる証拠なしにアリ・ハスワリを処分することはない。（シェパード局長談）
- 現場に落ちていた薬莢はラプア社製の308口径、弾頭はフルメタルジャケットと判明するが、それはギブスがスナイパー時代に愛用していていたライフル銃、M40A1で使用していた弾丸。
- ケイトを撃ったライフル銃の候補として残っているうちの一つ、ブラボ51の愛称は『ケイト』。
- ギブスが信じないものは UFO、神秘、偶然、後悔、言い訳・・・（アビー談）
- 愛称がケイトのライフル、銃弾がラプア308などという偶然はあり得ないとの結論からギブスは犯人がアリ・ハスワリと確信。
- ジェラルド・ジャクソンは一週間後に復帰予定だが、買い物を終えて車に乗り込むと後部座席にアリ・ハスワリ潜んでおり、再び人質になってしまう。
- アリ・ハスワリはジェラルド・ジャクソンを脅してダッキーに連絡し、ケイトを殺していないことを証明するので会って話したい、来ればジェラルド・ジャクソンを開放すると伝える。
To be continued...
サウンドトラック：挿入歌／アーティスト
アリを殺せ（後編） (Kill Ari Part 2)
- シーズン 03 エピソード 02 通算 第48話放送日 2005-09-27（US）
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- 前エピソードからの続き
- ジェラルド・ジャクソンがアリ・ハスワリに人質にされるがダッキーと交換となって解放される。
- ジェラルド・ジャクソンはマニュアル車を運転できない。
- ジェラルド・ジャクソンの家はピーボディ 。（マクギー談）
- アビーはジェラルド・ジャクソンのことを忘れていた。（本人談）
- 部下や仲間を危険にさらすことがギブスを苦しめる有効手段だとアリ・ハスワリは知っている。（ケイト（トニーの妄想）談）
- アビーは10歳の頃から47年式4速のフォード・ピックアップを運転していた。（本人談）
- 悪天候で通信状態が悪いため、今後の電話は通信用語（フォネティックコード）を使えとギブスが命令。
- ホテルのプールでジヴァと接触した女性が金と偽造パスポートをアリ・ハスワリに届ける役と判明。
- 女性が乗ったタクシーをギブスが尾行している途中、ダッキーの車を見つけて無事を確認できたがタクシーを見失ってしまう。
（それらはすべてアリ・ハスワリの作戦） - アリ・ハスワリはケイトを撃っていないとダッキーに論理的に説明し、ダッキーも説得力はあったと感じている。
- ジヴァはハマスの自爆テロで、まだ16歳の妹を亡くした。（本人談）
- アビーが新偵察衛星の映像を入手し、ケイト狙撃現場に停車していた車のナンバーを確認。
- NCISはジヴァのおかけで自爆テロを阻止してきた。（シェパード局長談）
- シェパード局長はジヴァを優秀だと評価し、2年前に命を助けてもらった借りもあるので信頼している。
- ギブスとシェパード局長は、6年前の8月、マルセイユでの張り込み2日目、暑い屋根裏部屋で関係を持ったらしい。（ギブス談）
- ギブスとシェパード局長が見張っていた場所に停車している車がアビーが解析した映像の車のナンバーと一致していると気づいたところで、その車から銃撃を受ける。
- 逃げる銃撃犯をギブスとシェパード局長が射殺。
- ケイト、アビー、シェパード局長と、女性ばかりを狙っているとマクギーが気づく。
- 射殺した犯人が所持していたライフルがブラボ51、使用した弾丸がラプア308だったことから、ケイトを狙撃した犯人だとシェパード局長が断定。
- ケイトの死後、初めてマクギーが遺体と対面。
- マクギーはケイトがひどい姿になっているかもしれないと少し怖かった。
- マクギーはケイトを大事に思っていたとトニーがケイトの遺体に語りかける。
- ギブスがトバイアス・フォーネルと会い、アリ・ハスワリの真の任務を聞くが、モサドがCIAに嘘をつき、CIAがFBIに嘘を伝えたので分からないと言う。
- ただし、本当は事実を知っていてDVD化されている映画のタイトルをヒントとしてギブスに伝え、映画通のトニーが内容を把握していたことから、核がらみであると判明。
- イスラエルに核爆弾はないが、プルトニウムが行方不明、ハマスの手に渡ったがハマスは起爆装置を持たない、アリ・ハスワリが起爆装置をアジトに運ぶことになっていたが姿を現さないのが現状。
- モサドの副局長（イーライ・ダヴィード）がジヴァに対し、NCISに協力するように指示。
- ジヴァの英語が微妙に怪しいという設定がすでに見られる。
- ラプア308をギブスが使っていたこと、その他NCISメンバーのこともモサドは把握していることをジヴァが明かす。
- ギブスとジヴァの2人だけになり、最初の妻と娘の事を知っているかとギブスが問うと、ジヴァは把握している、お気の毒にと答える。
（シーズン1のエピソード1から本作までで、最初の妻（シャノン）と娘（ケリー）の話が出たのは初めて） - だからアリ・ハスワリは女性ばかり狙っているというギブスの指摘にジヴァは、それでもアリ・ハスワリを信じていると答える。
- ギブスを殺すことができるとアリ・ハスワリを誘い出すようジヴァに提案し、アリ・ハスワリが無実なら来ない、もし現れたら援護してほしいと依頼。
- ギブスの家の地下室に誘いに乗ったアリ・ハスワリが現れ、ケイトを狙撃したこと、ギブスを苦しめるためだったことを認める。 ギブスではなく父親に恨みがあるが、ギブスが父親に似ているので苦しめていると。（父親への恨みに関しては主要登場人物参照。）父親が母を（爆撃によって）殺した時、アリ・ハスワリは迷わずハマスに入り、モサドとイスラエルを潰すことを最終目標としていると話す。
- ジヴァは、ギブスが自殺したように見せかけようと銃の引き金に指をかけたアリ・ハスワリを射殺。
- ギブスはアリ・ハスワリがモサド副局長の息子であり、ジヴァの異母兄弟であることをジヴァ本人から知らされる。
- すべてが終わった後、ケイトの告別式がいとなまれる。
- ジェラルド・ジャクソンはこの一件でトラウマが再発したのか、これ以降は出演がないが、再度リハビリセンターに入院したか、あるいは転勤になったのかなど一切不明。
サウンドトラック：挿入歌／アーティスト